Есть такой сайт http://www.atomicrocketturtle.com, где собрано много обновлений к Плеску.
Скорее всего, из этого репозитория обновляться будет безопаснее, поскольку он создавался специально для Плеска.

Таким образом, обновляться будем с репозитария http://www.atomicorp.com/channels/plesk/

Все действия совершаются в SSH

Ставим PGP-ключ:
wget http://www.atomicrocketturtle.com/RPM-GPG-KEY.art.txt
rpm –import RPM-GPG-KEY.art.txt
Добавляем репозиторий для yum:
wget -q -O – http://www.atomicorp.com/installers/atomic.sh | sh

Установка php:
yum install php

Обновление php:
yum update php

После обновления может быть, что mcrypt не обновился.
Делаем следующее:
yum remove php-mcrypt
yum –enablerepo=remi –exclude=php*5.3* install php-mcrypt

Дополнительно можно обновить MySQL:
yum update mysql-server

Или вообще всё подряд )
yum update